Елементи керування не змінилися з попередніх версій, і ви все ще не можете цілитися та ходити в режимі FPP одночасно, що є архаїчним і робить гру дещо складнішою. Рухаємося за допомогою аналогового джойстика, на тригер призначається вогонь, а всі контекстні дії виконуються за допомогою геометричних кнопок. На момент прем’єри Mercenaries 3D була постановкою, яка мала показати, на що насправді здатна нова кишенькова консоль Nintendo. Як виявилося, 3DS може легко впоратися з динамічною камерою в 3D-середовищі та переглядом, що перемикається між залаштунками та перспективою персонажа. На жаль, творці не в повній мірі використали можливості КПК Big N, а сенсорний екран залишився без уваги. На верхньому екрані кишені відображається дія, а на нижньому (сенсорному) екрані ми керуємо обладнанням. Однак реалізовано багатокористувацький режим (Ad-Hoc та через Інтернет).

Resident Evil: Mercenaries 3D, як і п’ята частина, працює на движку MT Framework. Незважаючи на це, графіка слабша, ніж у RE на стаціонарних консолях - є перепади плавності анімації (гра хрумтить особливо в 3D режимі, коли багато чого відбувається на екрані), текстури середньої якості, а у персонажів набагато менше. деталі.