Управление не изменилось по сравнению с предыдущими версиями, и вы по-прежнему не можете одновременно целиться и ходить в режиме FPP, что является архаичным и делает игру немного сложнее. Передвигаемся с помощью аналогового джойстика, на спусковой крючок назначен огонь, а все контекстные действия выполняются с помощью геометрических кнопок. На момент премьеры Mercenaries 3D представляла собой продукт, который должен был показать, на что действительно способна новая карманная консоль Nintendo. Как оказалось, 3DS легко справляется с динамической камерой в 3D-среде и возможностью переключения между закулисьем и перспективой персонажа. К сожалению, создатели не в полной мере использовали потенциал наладонника Big N. 3D-эффект посредственный, а сенсорному экрану не уделили должного внимания. Действие отображается на верхнем экране кармана, а на нижнем (сенсорном) экране мы управляем оборудованием. Однако реализован многопользовательский режим (Ad-Hoc и через Интернет).

Resident Evil: Mercenaries 3D, как и пятая часть, работает на движке MT Framework. Несмотря на это, графика слабее, чем в RE на стационарных консолях - есть падения плавности анимации (игра особенно хрустит в 3D-режиме, когда на экране много чего происходит), текстуры среднего качества, а персонажей гораздо меньше подробно.